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抽個血,就能知曉前世今生?

2015-08-31 14:30 閱讀:1002 來源:人民網 責任編輯:李思杰
[導讀] 自1975年英國生化學家弗雷德里克桑格發(fā)明末端終止法DNA(脫氧核糖核酸,其中具有遺傳效應的片段叫做基因)測序技術之后,基因測序被視為打開生命奧秘之門的金鑰匙。如今在一些發(fā)達國家,基因測序已從實驗室走入臨床應用;特別是一些名人利用基因測序提前預防

    自1975年英國生化學家弗雷德里克·桑格發(fā)明末端終止法DNA(脫氧核糖核酸,其中具有遺傳效應的片段叫做基因)測序技術之后,基因測序被視為打開生命奧秘之門的金鑰匙。如今在一些發(fā)達國家,基因測序已從實驗室走入臨床應用;特別是一些名人利用基因測序提前預防癌癥等疾病,更讓這一技術炙手可熱。
 


    基因測序到底能否提前檢測出癌癥?我國的基因測序技術達到了何種水平?最近,我國首款擁有自主知識產權的可實用型二代基因測序儀(以下簡稱BIGIS)的發(fā)布,打破了國內基因測序儀器及試劑耗材一直依賴進口的局面。日前,記者采訪了BIGIS的主要研發(fā)者——北京中科紫鑫科技有限責任公司首席科學家任魯風。

    未來3—5年內,基因測序的人均費用可能控制在1000元以內 A、T、C、G,看似簡單的4個字母,卻被科學家稱為“生命密碼”.在生命體中,它們代表排列在生命遺傳物質DNA上的4種堿基,兩兩成對。人類共擁有30億個堿基對,組合排列的順序變化無窮。這種排列順序主導了生命體的特征,基因測序就是獲得這些堿基的排列順序,是***生命密碼的第一步。

    40年間,基因測序技術取得了顛覆性的發(fā)展。尤其是近5年,發(fā)展速度甚至超越了IT行業(yè)的摩爾定律,測序通量從最初的每臺測序儀每天幾千個堿基到如今的25G—30G(1G=109)個堿基。同時,測序成本也比十幾年前降低了6個數量級。

    “基因測序的發(fā)展,就是‘發(fā)現基因序列—產生新技術—獲得更多基因序列—更深入地了解—不斷產生新的疑問’這樣一個周而復始的螺旋式上升過程。”任魯風介紹說,目前基因測序技術已經發(fā)展到第四代納米孔測序技術,之前分別是第一代末端終止法測序技術、第二代大規(guī)模并行化測序技術和第三代單分子測序技術。

    這是否意味著中科紫鑫推出的BIGIS二代測序系統(tǒng)在基因測序領域已經落伍了?“不同代次的測序技術會長期共存和繼續(xù)發(fā)展,目前尚不存在一個技術平臺可以包打天下。”任魯風認為,各代次的技術各有所長,并不是替代的關系。

    “因為不同代次的技術在讀長、通量和準確率這些指標上各有優(yōu)勢。”任魯風一一說明這些指標的含義:一條染色體上的基因序列非常長,往往需要將其切成小片段分別測序,測完還需要將這些片段拼接還原。讀長就是一次測序反應能夠有效識別的片段長度,通量是指單位時間和成本上能夠獲得的數據量。通量高意味著可以用更少的時間和更低的價格獲得更多的基因數據,讀長長則意味著降低了基因序列拼接的難度,同時提高對序列拼接和解讀的準確性。

    “第一代測序準確性高、通量低、測序速度慢,但在測定相對少量的特定位點等靶標時仍有優(yōu)勢,有其細分的市場定位;第二代測序技術大大擴展了測序通量,且準確率基本可達99.5%;第三、第四代測序速度進一步加快,但缺點是準確率不高,仍需要第二代測序技術配合修正。”任魯風認為,在第三代、第四代技術獲得質的突破之前,二代技術的應用將最為廣泛,今后10—15年內都不會淘汰。

    從初學者到做出第二代基因測序儀,任魯風和他的團隊花了8年時間。他們最終做成的儀器體積小,適合在中小型實驗室使用,觸摸屏設計、上下游配套系統(tǒng)、集成式操作系統(tǒng)使測序操作變得更加簡單,實現了測序及數據分析的閉環(huán)整合。更重要的是,這樣一臺我國具有完全知識產權的基因測序儀,打破了測序儀器及耗材嚴重依賴進口的局面,為國內測序成本的降低提供了可能。“希望未來的3到5年里,能讓基因測序的人均費用控制在1000元以內。”任魯風說。

    同一款測序儀在美國售價約5萬美元,在中國報價高達約20萬美元

    制造國產儀器,在任魯風看來,是我國基因測序研發(fā)和臨床應用的必經之路。

    目前,我國市場上測序設備和試劑的主要來源是Illumina等三大國外廠商,國內開展測序儀研發(fā)的機構屈指可數,且很大程度上尚處于引進吸收、缺乏原始創(chuàng)新的狀態(tài)。一些廠商將進口的整機換個外殼,甚至換個商標就作為國產的醫(yī)療器械進行申報,業(yè)內專家認為這無異于飲鴆止渴。

    “水龍頭不掌握在自己手里,一定會受制于人。”任魯風說,當年一款新型測序儀在美國上市時售價大約為每臺5萬美元,而在中國的報價大約為20萬美元;即使成交價能夠打個對折,還是要比美國本土高一倍。

    專家指出,除了定價過高,國外設備試劑的更新?lián)Q代肯定首先滿足本國的需求,這樣就造成我國儀器獲取和科研也總是比國外滯后。

    不掌握自主技術未來還有一個更大的潛在威脅——基因庫的數據安全。

    “用進口的測序儀產生的大量數據如何分析應用?很多國外廠商會誘導客戶將測序數據傳到自己的服務器上,一方面提供數據分析服務,另一方面用以擴充他們的基因庫。”任魯風說,我國至今仍未建立可供研究共享的規(guī)?;驍祿?。

    任魯風希望通過與醫(yī)院等實踐應用機構的合作,建立起中國自己的基因數據庫,以真正實現基因測序預測疾病這樣具有現實意義的應用。

    目前國內市場上大多數基因測序預測疾病的服務不足為信

    如果一個人獲得了自己的全基因組測序數據,是否就能預測各種疾病的罹患幾率?

    近10年來,基因組科學的發(fā)展逐漸形成了一個新的明確目標:精準醫(yī)學,其本質是通過基因組等前沿醫(yī)學技術對大樣本人群與特定疾病進行分析鑒定、驗證與應用,從而精確尋找疾病的原因,最終實現個性化精準治療。

    “目前來說,實現這個目標還很遙遠。不存在扎一針、抽個血和做個基因測序就能知曉人體前世今生的神話。”任魯風解釋說,先天性耳聾、地中海貧血等幾百種單基因的遺傳病由于致病基因點位單一明確,確實比較容易通過測序進行篩查;但癌癥等復雜疾病是多種基因異常導致的,沒有兩名患者存在相同的基因圖譜,需要大規(guī)模樣本量的重復測分析序比對,才能找到相對準確的疾病與基因的相關性。

    “這個過程就像盲人摸象,摸的人越多越有可能接近大象的原貌;測序樣本越多、比對越多,才越接近疾病發(fā)生的真相。”任魯風打比方說,“相反,如果測序技術和相關醫(yī)學技術發(fā)展不成熟,很容易誤判。”任魯風認為,目前國內市場上大多數基因測序預測疾病的服務不足為信。

    除了精準醫(yī)學,基因測序在檢驗檢疫、環(huán)境監(jiān)測、突發(fā)疾病鑒定等方面都能發(fā)揮重要作用,近幾年市場需求急速擴張。業(yè)內專家認為,在國內基因測序領域原始創(chuàng)新和技術研發(fā)還相對落后的情況下,迫在眉睫的是建立一個良性的產業(yè)發(fā)展環(huán)境。

    “市場的良性發(fā)展,需要**的有效監(jiān)管、企業(yè)的自律,以及相互之間形成合理的規(guī)范原則,缺一不可。”任魯風尤其強調企業(yè)的自律,國內相關企業(yè)應該積極參與市場運行和可持續(xù)發(fā)展的規(guī)則制訂。他提議建立“中國測序技術和產業(yè)發(fā)展聯(lián)盟”:“聯(lián)合起來大家都能吃飽,而且會越吃越好;惡性競爭和打破底線,可能就會饕餮一頓后餓死街頭。”


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